В научной деятельности А.И. Агеев специализируется на проблематике экономического роста, мировой экономики, интеграционных процессов, цифровой трансформации, зарубежной регионалистики, управления отраслями высокотехнологичного комплекса и энергетики, предпринимательства, развития конкуренции, создания информационных систем, разработки и применения международных стандартов в сфере инвестиций, управления рисками, интегрированной отчетности и др.
Автор более 600 научных работ, из них 28 монографий. Более 30 научных работ опубликовано в США, Германии, Португалии, Финляндии, Италии, Китае и ряде прочих стран на английском, немецком, китайском и других языках.
Ректор Школы бизнеса ИНЭС, заведующий кафедрой управления бизнес-проектами и профессор Национального исследовательского ядерного университета «МИФИ», профессор МГИМО(У) и профессор МГУ им. М.В. Ломоносова. Глобальный Тьютор Школы Шелкового Пути, Китай.
Член Союза писателей России и Союза журналистов России. Главный редактор журнала «Экономические стратегии» и международного журнала «Партнерство цивилизаций», член редакционных советов научных журналов «Цифровая экономика», «Вопросы новой экономики», «Микроэкономика». Доктор экономических наук, профессор. Автор более 600 научных, публицистических и литературных работ, из них 28 монографий на русском, английском, немецком, китайском и других языках.
Член диссертационных советов: РУДН, МГТУ им. Н.Э. Баумана и МГУ им. М.В. Ломоносова.
Член ряда экспертных советов и рабочих групп РАН, Государственной думы РФ, МЧС России, Министерства промышленности и торговли Российской Федерации, Евразийской экономической комиссии (ЕЭК), Научно-консультационного совета Союзного государства, Коллегии Военно-промышленной комиссии РФ, а также научно-экспертных сообществ России, Германии, Италии, Китая и Швейцарии.

Глава Коллегии тьюторов Сингапурской Академии Корпоративного Менеджмента по Восточной Европе. Руководитель Рабочей группы 01 Комитета 164 по стандартизации Искусственного Интеллекта.